Базилика Пресвятого Спасителя и святых Иоанна Крестителя и Евангелиста, широко известная как Сан-Джованни-ин-Латерано (итал. Basilica di San Giovanni in Laterano), стоит недалеко от Келийского холма. Она является главной из всех церквей Рима и всего мира. В этом районе когда-то стоял особняк, принадлежавший знатной семье Латеранов. Их дом стоял недалеко от базилики, вероятно, в направлении современной улицы Амба Арадам, а земля занимала всю территорию, включая нынешнюю площадь базилики. На части латеранских земель император построил большой военный комплекс, названный Castra nova equitum singularium (Новые казармы отборной гвардии).

В результате раскопок, неоднократно проводившихся под полом базилики и под клуатром, были обнаружены различные участки фундамента Северана и часть возвышения первого этажа казарм. В то же время Септимий Север подарил другую часть конфискованной земли Титу Секстию Латерану, другу Септимия Севера и его доблестному командиру в месопотамской экспедиции.

Неизвестно, подарил ли император тот же дом, что принадлежал Плауцию Латерану или Титу Секстию, или построил новый, но это был настолько роскошный и важный дом, что он стал топографическим ориентиром, и даже после их гибели в Средние века люди продолжали называть здания, стоявшие в этом районе, словами iuxta Lateranis (около Латерана), пока их не стали называть Латераном сегодня.

Согласно "Анналам" Тацита, в 65 году эти дома и земли были конфискованы императором Нероном, поскольку Плавтий Латеран, консул, назначенный на 65 год, вступил в заговор против самого императора, известный как "Заговор Пизона". Когда заговор провалился, Плавтий был приговорён к смерти и всё его имущество перешло в императорскую казну.

Позже (ок. 201 г.) часть этой земли использовал Септимий Северус, который, чтобы укрепить личный состав своих телохранителей, сформированный из отборных рыцарей (equites singulares), имевших казарму в районе современной улицы Тассо, столкнулся с необходимостью построить вторую казарму для размещения новобранцев. Для этой цели он выбрал район Латерана, где у императорской казны было несколько владений, в первую очередь Латеранские владения, приобретенные при неронской конфискации. Позже эти земли, путем покупки или наследования, стали собственностью некой Фаусты, поскольку позднее упоминается дом Фаусты в районе Латерана. Фауста, о которой идет речь, была отождествлена со второй женой императора Флавия Валерия Константина (280-337), с именем которой связано основание базилики.

Воспитанный при дворе Диоклетиана, Константин был призван в Британию своим отцом, императором Констанцием Хлором, и после смерти последнего был провозглашен авгуром от армии (306), что нарушило правила тетрархической системы и вызвало жестокую борьбу, в которой шесть претендентов (Максимиан, Максенций, Лициний, Галерий, Максимин и Константин) боролись за императорский титул. Устранив Максимиана (310) и умертвив Галерия (311), Константин 28 октября 312 года победил Максенция при Сакса Рубра на Виа Фламиния (битва при Понте Мильвио), чему способствовал божественный символ, явившийся ему в ночь перед победой во сне: ангел с крестом и надписью IN HOC SIGNO VINCES, которую Константин незамедлительно начертал на щитах своих солдат.

Победив Максенция, Константин отправился в Милан и укрепил свой союз с Лицинием, который после смерти Максимина остался хозяином восточных провинций (позже Константин избавился и от Лициния, оставшись единоличным императором). В Милане Константин также провозгласил эдикт (313 г.), в котором признал свободу христианского вероисповедания. Вернувшись в Рим, Константин позаботился о том, чтобы предоставить зарождающейся церкви подходящее место для полноценного духовного служения. Константин распустил конный корпус, который поддерживал Максенция, и подарил папе Мелькиаду землю для строительства domus ecclesia. Базилика была освящена в 324 ( или 318 ) году папой Сильвестром I и посвящена Святому Спасителю. В IX веке Сергий III посвятил ее Иоанну Крестителю, а в XII веке Луций II – Иоанну Евангелисту.

С IV века и до конца Авиньонского периода (XIV век), когда папство переехало в Авиньон, Латеран был единственной резиденцией папства. Патриархат, или Латеранский дом (древняя папская резиденция), пристроенный к базилике, был резиденцией пап на протяжении всего Средневековья. Таким образом, с этого периода и вплоть до XIV века Латеран был резиденцией и символом папства, а значит, и сердцем церковной жизни. Здесь также проходили пять экуменических соборов.

Оригинальная Константиновская базилика в плане была очень похожа на нынешнюю, также с пятью нефами, а стены по периметру более или менее совпадают с нынешними. Прямоугольный зал, разделенный внутри на пять нефов мраморными колоннадами с коринфскими капителями; 15 колонн с высокими антаблементами с каждой стороны главного нефа и 21 колонна, поддерживающая арки между боковыми нефами. В конце нефа, на западе, находилась большая апсида, В раннем Средневековье собор был драгоценной сокровищницей произведений искусства. Уже император Константин, возжелав великую базилику, обогатил ее прекрасным киворием для главного алтаря.

После первого великолепия IV века последовали события, которые, к лучшему или худшему, определили сложную историю Латеранской архбазилики на более чем тысячелетие, вплоть до наших дней. В начале V века, во время вестготского нашествия Алариха в 410 году, с собора был снят драгоценный константиновский балдахин, который был немедленно заменен Сикстом III. В 455 году вандалы Гензериха разграбили церковь, лишив ее всех сокровищ. Папа Иларий (461-468 гг.) приказал построить вокруг баптистерия три оратория, посвященные: Иоанна Крестителя, Иоанна Евангелиста и Оратория Святого Креста, последняя была разрушена в результате барочных реставраций Сикста V. Ораторий Святого Венанция был построен в VI веке при папе Иоанне IV. В начале IX века Лев III перестроил потолки базилики и украсил окна апсиды полихромными витражами. В X веке с одной стороны портика был построен ораторий, посвященный святому Фоме, который раньше использовался папами для облачения в литургические одеяния перед входом в церковь.

В XII веке крыша базилики была восстановлена, а портик баптистерия был перестроен в две капеллы (посвященные святым Руфине и Секунде и святым Киприану и Иустине). В том же веке древний фасад базилики был перестроен с мозаичным декором, входной портик был восстановлен, а в баптистерии были установлены бронзовые двери и Святая лестница, которая теперь находится в капелле двух святых Иоаннов внутри баптистерия. В конце XIII века при Бонифации VIII были проведены масштабные работы к Юбилею 1300 года с новой Лоджией благословений и фресками Джотто (или Джоттески) и Чимабуэ, ныне утраченными. Юбилей 1300 года стал первым большим юбилеем в истории, созванным в соборе Святого Иоанна Латеранского.

В XIV веке главным и решающим событием в истории Латеранской базилики стал переход папской власти из Рима в Авиньон, а значит, и полный отказ от Латерана. В 1378 году, с избранием Григория XI, авиньонский период завершился. Григорий XI вернул папство в Рим, но поскольку Латеран находился в плохом состоянии, папы отныне предпочитали Ватикан. С этого периода все реставрационные работы были направлены исключительно на уход за базиликой и баптистерием, в то время как Патриархия медленно приходила в упадок. В XV веке при папе Мартине V, с 1426 по 1431 год, напольные и настенные росписи были переделаны Джентиле да Фабриано и Пизанелло. С 1431 по 1447 год, при Евгении IV, разрушающиеся колонны нефа были обложены кирпичом, а арки стали сводчатыми, вместо прямых антаблементов. Это был важный поворотный момент в архитектурном плане, который определил структурную схему, за которую Борромини взялся два столетия спустя для ее полной перестройки.

В XVI веке, после разграбления Рима, Павел III предложил снести Патриархию, чтобы получить черепицу и балки для восстановления церкви, убрал кольцевой портик Баптистерия и изменил купол на сегодняшний восьмиугольный барабан, покрытый свинцовой крышей. Пий IV украсил баптистерий и построил потолок базилики, который продолжил Пий V. В конце века Сикст V приказал полностью снести Патриархат, чтобы построить Латеранский апостольский дворец (сегодня это резиденция викариата Рима) по проекту архитектора Доменико Фонтана, а вместе с ним и возвышение северного трансепта. К юбилею 1600 года Климент VIII отремонтировал трансепт и алтарь Пресвятых Таин по проекту Джакомо делла Порта. В 1650 году Франческо Борромини полностью перепроектировал базилику, перестроив неф и боковые нефы. Эта работа была заказана папой Иннокентием X и завершена в 1660 году при папе Александре VII, который также отреставрировал мозаику в апсиде и перенес бронзовые двери древней римской курии из церкви Святого Адриана на Римский форум, которые сегодня образуют большую центральную дверь базилики. В XVIII веке, продолжая работы, подчеркивающие завершенность внешнего облика, фасад Базилики был окончательно завершен новым фасадом работы Алессандро Галилея (также автора капеллы Корсини внутри Базилики), законченным за несколько лет до Юбилея 1750 г. В интерьере Базилики статуи 12 апостолов были помещены в ниши Борромини. Последняя крупная реставрация была проведена в XIX веке, сначала при Пие IX, который восстановил табернакль и исповедальню, а затем, что самое заметное, при Льве XIII, который с 1876 по 1886 год поручил архитектору Франческо Веспиньяни снести апсиду и отстроить ее заново. В XX веке при Пие XI была проведена реставрация пола Косматеска, где были обнаружены остатки древних казарм equites singulares. По случаю Великого юбилея 2000 года была торжественно открыта новая Святая дверь работы скульптора Флориано Бодини (1933-2005).

Северный фасад ещё до X века имел две оборонительные башни: в одной из них находился колокол – самый старый в Риме, отлитый в 968 году. Иоанн XIII (965-972) превратил башни в колокольни, которые Иннокентий III укрепил и оснастил четырьмя колоколами XII-XIII веков. Иоанн Диакон не упоминает о существовании третьей двери в базилику (четвертая была открыта Доменико Фонтана, чтобы соединить квадрипортик Апостольского дворца с залом базилики), возможно, потому, что ей не хватало торжественности, присущей архбазилике. Установленное наличие двух башен около середины X века позволяет предположить, что здесь должен был быть вход в базилику и что две башни могли быть поставлены для охраны именно этого входа. Григорий XI (1370-1378 гг.) перестроил северный фасад в кирпиче, снабдил его готическим порталом, увенчанным окном-розой, с двумя колоннами с мраморными стилизованными львами, и сохранил две колокольни, о чем напоминает совместный герб-эдикула, до сих пор сохранившийся в портике Святого Анджело в госпитале Святого Иоанна Латерана. Под Сикстинским портиком (правый вход) находится мраморная копия буллы, изданной Григорием XI в 1372 году – только что вернувшимся из Авиньона в Рим – для подтверждения вселенского примата Латеранской базилики над всеми церквями. Пий IV (1560-1565) облагородил григорианский фасад аттиком между двумя колокольнями, который был изображен на бронзовых дверях капеллы Святого Иоанна Крестителя в Константиновском баптистерии. Слева от портика находится бронзовая статуя Генриха IV (1553-1610), короля Франции, работы скульптора Никколо Кордиери (Кордье), известного как Франчиозино (1567-1612). Лоджию делле Бенедициони также украшает серия фресок, написанных в 1587-1588 годах, – работы, созданные группой художников во главе с Джованни Гуэрра и Чезаре Неббиа. В портике на первом этаже изображены Богородица, апостолы, пророки, папы, девы, мученики, исповедники и девять ангельских орденов. В верхней части находятся Истории Святого Петра, Истории из Ветхого Завета, фигуры Ангелов-музыкантов или Победы, Аллегории, Истории Константина и докторов латинской и греческой церкви. Здесь же находится монументальный портрет благословляющего понтифика на троне в окружении кардиналов.

Базилика Сан-Джованни имеет пять нефов. В центральном нефе базилики, ограниченном тридцатью колоннами, после пожара 15 июня 1307 года появились первые каменные колонны. Из первоначальных колонн только семь остались неповрежденными. Пожар 21 августа 1361 года ухудшил ситуацию в здании, разрушив скинию и четыре колонны из яшмы, но семь выживших смогли поддержать антаблемент, а 42 колонны из зеленого мрамора с элегантными капителями продолжали ограничивать четыре боковых нефа до 1638 года. Урбан V (1362-1370) отправился из Авиньона в Рим для обеспечения сохранности Святых Глав апостолов Петра и Павла, хранящихся в капелле Sancta Sanctorum. Понтифик решил поручить их хранение латеранскому духовенству. Если центральный неф имеет кессонное перекрытие, а два соседних – небольшие купола, то крайние нефы имеют плоский потолок и разделены пилястрами на квадратные и прямоугольные пролеты. 

В центральном нефе, в некоторых нишах, созданных в колоннах, находятся статуи двенадцати апостолов, вставленные в базилику по настоянию Борромини (Borromini). Он реализовал свою новаторскую идею в пяти нефах. Борромини осделал пять больших арок в стене, укрепленной парными до потолка колоннами, полученными кладкой древних гранитных колонн, соответствующих пяти капеллам. В двенадцать колонн, которые в центральном нефе поддерживают карниз, идущий с трех сторон, украшенный церковными символами, он вставил столько же ниш. Ниши предназначались для размещения статуй апостолов, прибывших сюда в следующем столетии. Неф расписан работами различных художников, включая Камилло Рускони, Пьера Легро и Анджело Де Росси. В промежутках между окнами нарисованы тондо с изображением Пророков. Пол выполнен в косматском стиле средневековой базилики.

Капелла Исповеди, посвященная святому Иоанну Евангелисту, построенная Сергием II (844-847 гг.), окружена балюстрадой. От малых ворот по двум ветвям лестницы можно спуститься к усыпальнице Мартина V, бронзовой работе флорентийского ювелира Симоне ди Джованни Гини, брата Донателло, перенесенной сюда из главного нефа. 

Во главе усыпальницы – деревянная статуя Святого Иоанна Крестителя работы Донато да Формелло, которую ошибочно считают работой Донателло, перенесенная из ризницы, где она стояла с 1772 года, из капеллы Святого Иоанна Крестителя в Константиновском баптистерии. В годовщину рождения Крестителя (24 июня) статую, по крайней мере до середины XX века, несли ко входу в Исповедальню, и латеранские каноники отдавали ей дань уважения, кладя на пол свои гербы. В эту же годовщину освящали и раздавали гвоздику как противоядие от малярии, свирепствовавшей в Понтинских болотах, и от зубной боли.

В церкви находится множество папских гробниц, в Confessio покоится папа Мартин V. Этим захоронением первый неоспоримый папа после Великого западного раскола демонстрирует преемственность папства в своей римской епископальной церкви; в его время фактическим местом захоронения пап была Ватиканская базилика. В базилике нашли свое последнее пристанище и другие папы, например, Климент XII, от времени которого датируется фасад церкви, а также Сергий III, Сильвестр II, Сергий IV, Александр III, Климент XII и Лев XIII. Гробницы многих других пап были утрачены.

Папа Лев XIII (1878-1903) восстановил древнюю апсиду базилики, разрушив возведенную с амвоном в конце XIII века Николаем IV (1288-1292). Нынешней апсиде предшествует помещение для размещения хора. Новый хор, богато украшенный фресками, лепниной и полихромным мрамором, содержит шесть хоровых кафедр, по три с каждой стороны, с частью труб органа базилики. В чаше апсиды находится огромная мозаика с изображением Богородицы, представляющей коленопреклонённого покровителя Николая IV, святых Павла, Петра, Франциска Ассизского, Иоанна Крестителя, Антония Падуанского, Иоанна Евангелиста и Андрея. В центре мозаики – Крест Христа и голубь Святого Духа. Мозаика была выполнена Якопо Торрити и Якопо да Камерино, которые включили в неё более древнее изображение Спасителя. Нынешний образ – реконструкция, выполненная мозаичистами Льва XIII, которые лишь повторно использовали золотые мозаичные плитки фона. О работе, проделанной Львом XIII, свидетельствует мозаичная надпись, которая проходит под готическими окнами. В конце апсиды находится папское кресло, репродукция XIX века косматескного кресла, которое сейчас можно увидеть в клуатре, украшенное различными полихромными мраморами и барельефами.

Изображение пьющих оленей и агнцев приглашает принять крещение по примеру Спасителя, крестившегося в Иордане, как это  видно в медальоне в центре Креста. Река Иордан, в память о крещении Христа, оживленная морскими сценами из классического искусства, найденными в священных памятниках константиновской эпохи, завершает апсидальный декор. Богоявление Иордана, выраженное рукой (dextera Patris, dextera Dei) – замененной в переделке Льва XIII херувимом – иконой Сына и голубем, испускающим лучи, Святого Духа, освещает Крест и Крещение, которое античные авторы называют sacramentum Crucis.

Кафедра – это место, предназначенное для Папы Римского как епископа Рима. Она является символом власти и ответственности епископа. С кафедры он руководит литургическим собранием и объясняет Писание, представляя самого Христа. Пределла у основания нынешней папской кафедры была частью более ранней кафедры, которую Николай IV поставил у стены за алтарем. На ней была изображена иконография победы Христа над злом, представленная четырьмя демоническими фигурами у ног Спасителя: аспидом, василиском, львом и драконом.

Вдоль крайних боковых нефов расположен ряд капелл. Самыми известными из них в правом нефе являются капелла Массимо (Massimo) и капелла Торлония (Torlonia), а самой почитаемой в левом нефе является капелла Корсини (Corsini) с куполом, в которой находятся гробницы Климента XII Корсини и кардинала Нери Корсини старшего. Капелла была спроектирована Алессандро Галилеем (1691-1737) и построена в 1734-1736 годах для папы Климента XII (р. 1730-40), члена флорентийской семьи Корсини. Она также известна как Капелла Клементина и посвящена святому Андрею Корсини (1302 - 1373), который был предком папы Климента XII. Алтарный образ представляет собой мозаичную копию картины Гвидо Рени "Святой Андрей Корсини". На фронтоне стоят аллегорические статуи Целомудрия и Религии работы Бартоломео Пинчеллотти (1708-40). Грандиозный погребальный памятник папе Клименту XII в левой части капеллы – работа Джованни Баттиста Майни (1690-1752). Две аллегорические статуи выполнены Карло Мональди (ок. 1683-1760). В правой части капеллы находится погребальный памятник кардиналу Нери Корсини, который был дядей папы Климента XII. Это также работа Майни (Maini).

Входные ворота представляют собой абсолютное чудо кованого железа. Они были спроектированы Алессандро Галилеем и созданы Франческо и Пьетро Чечи.

Вторая капелла, посвященная Успению Пресвятой Богородицы (Dormitio Beatae Mariae Virginis), ранее находившаяся под патронажем семьи Антонелли, имеет фреску Успения над алтарем между святыми Домиником и Филиппом Нери. Начатая римским художником Джованни Оддацци (Giovanni Oddazzi), она была завершена Игнацем Штерном (Ignaz Stern). Фреска XIV века, изображающая смерть Богородицы, была частью убранства древнего патриархата и заново переписана в XVI веке.

Третья капелла, посвященная Святой Марии Милующей, известная как Сансеверина (Sanseverina), ранее находившаяся под покровительством семьи Сантасеверина, спроектированная Онорио Лонги из Милана, была построена в память о кардинале Джулио Антонио Сантори, бюст которого является работой тосканца Джулиано Финелли, ученика и сотрудника Бернини. Под куполом – несколько историй Страстей работы Баччо Чиарпи из Лукки. Распятие приписывается Стефано Мадерно из Тичино. На правой стене находится монумент работы Пьетро Тенерани в память о папских солдатах, павших при Ментане. Алтарь был вырезан из полосатого саркофага III века "eques singularis" на двух львах, мраморная фигура Распятия расположена на позолоченном бронзовом кресте работы Аурелио Чиоли (или Чиолы), работавшего в Риме в 1561-1583 годах, или Стефано Мадерно. Картина XV века с изображением Мадонны с Младенцем между святыми Лаврентием и Себастьяном относится к школе знаменитого умбрийского художника Пьетро ди Кристофоро Ваннуччи, известного как Перуджино. В часовне располагалась древняя приходская церковь с базиликой, где в течение последних двадцати лет в соответствии с намерениями Святого Отца выставляются Святые Дары для молитвы.

Четвертая капелла, посвященная Святому Франциску Ассизскому, ранее находившаяся под патронажем семьи Ланчеллотти, была основана кардиналом Сципионом Ланчеллотти по "настоянию" Карло Мадерно. Алтарный образ, изображавший святого Франциска в момент получения стигматов работы Джована Баттисты Пуччетти (или Пацетти), был заменен на тот же сюжет нынешней работой палермского художника Томмазо Лаурети, ученика фра Себастьяно дель Пьомбо. На лепных кругляшах свода работы Филиппо Каркани изображены: Святой Франциск перед Распятием в Сан-Дамиано, Святой Франциск, поддерживающий Латеран; утверждение Правила; больной Святой Франциск. Каркани, сотрудник скульптора Эрколе Феррата, ученик Бернини и Альгарди, президент Академии Санта-Лука, выполнил лепной декор в стиле почти прерококо. На стенах - "Спас между святыми Иоанном Крестителем и Евангелистом" римского художника Филиппо Агриколы и "Мученичество святого Иоанна Непомуцкого" Джованни Пьянкастелли, запрошенное Латеранским капитулом у семьи Торлония в качестве частичной компенсации за потерю капеллы, посвященной богемскому мученику. 

Пятая капелла, посвященная святому Иларию, епископу Пуатье, в XVII веке была патронирована Иларием Маури из Пармы, автором фонда для раздачи приданого бедным девушкам на свадьбе. Фреска Жака Куртуа, известного как Боргоньоне (Borgognone), на алтаре изображает святого Илария, которому было видение Святой Троицы.

Направляясь к третьей колонне правого нефа, можно полюбоваться фрагментом знаменитой фрески, известной как "Лоджия благословений", изображающей нового папу Бонифация VIII в момент вступления во владение Латеранским престолом 23 января 1295 года. Эта фреска входила в группу из трех картин (две другие изображали "Крещение Константина" и "Строительство Латерана"). Ныне исчезнувшие, они первоначально располагались на одной из сторон старой Лоджии делле Бенедициони и, вместе с фресками Санкта Санкторум, находятся в центре спора, который хотел бы приписать Риму, а не Флоренции отцовство нового этапа развития живописи в Италии, настолько, что атрибуция Джотто или Каваллини до сих пор вызывает споры. На самом деле именно в эти годы фигуративная продукция, связанная с папским двором и юбилеем 1300 года, стала моментом максимального развития римской художественной культуры в те годы. Фреска в лоджии была заказана папой Бонифацием VIII между 1297 и 1298 годами, вероятно, для того, чтобы подтвердить легитимность своего избрания, оспариваемого семьей Колонна, настолько, что по обе стороны от нее можно было бы узнать кардинала Маттео Орсини, его сторонника, и папу Целестина V, его предшественника, который добровольно отрекся от престола, учредив знаменитое помилование города Аквилы. Интересно вспомнить церемонию одержания, которая продолжается и по сей день. Каждый вновь избранный понтифик должен вступить во владение своим собором, Латеранской базиликой, как епископ Рима, с торжественным ритуалом, который менялся на протяжении веков. Однако некоторые до сих пор интерпретируют фреску как провозглашение первого Юбилея папы Бонифация VIII, Юбилея 1300 года. На самом деле, в канун Нового 1300 года толпа в ожидании непременного помилования, в жажде духовного обновления ворвалась в Рим, что убедило папу провозгласить Юбилей 16 февраля 1300 года из Латерана. 

Крайний правый неф начинается от контрфасада базилики и "Святой двери" в сторону трансепта. Фрагментарная фреска с изображением Мадонны с Младенцем происходит из Колизея, над надгробным памятником "римского гражданина" кардинала Пьетро Паоло Меллини, умершего от чумы в 1527 году. Первая капелла Успения Святой Марии или капелла Орсини (здесь похоронены члены знатной семьи), спроектированная и построенная в 1729 году, имеет большую фреску в честь Непорочного Зачатия римского художника Плачидо Костанци (Placido Costanzi) на алтаре. 

Далее находится капелла Пресвятого Распятия или Капелла Массимо (по имени семьи, получившей ее покровительство), спроектированная Джакомо делла Порта в XVI веке. Капелла имеет бочкообразный свод. На алтаре в нише в форме раковины находятся Распятие (работа Сермонета) и Апостол Иоанн в старости (работа Кавалье д'Арпино).

Джованни Росси, епископ Алатри, во время понтификата Сикста IV воздвиг алтарь в честь святого Иоанна Евангелиста и поместил в него барельеф, изображающий его коленопреклоненным перед святым. Алтарь был снесен, а барельеф перенесен в Константиновский баптистерий, когда Фаустина Массимо получила от Пия IV в 1564 году покровительственную капеллу для своей семьи. Дизайн вдохновлен Браманте: бочкообразный свод, раковина в нише над алтарем, триглифы на пилястрах, острые углы. Над алтарем, помимо панно с Распятием работы Джироламо Сициоланте, известного как Сермонета, находится картина Кавалера д'Арпино с изображением апостола Иоанна в старости в окружении учеников из Константиновского баптистерия. Пол был воссоздан из античного по проекту архитектора Ильдо Аветты и выполнен Васко Насорри, который повторил его в святилище горы Блаженств в Иерусалиме.

В четвертой капелле, посвященной святому Иоанну Евангелисту, находится фреска, изображающая видение святым Иоанном Непорочного Зачатия на острове Патмос, работы Лаццаро Бальди из Пистойи. В правой части капеллы находится гробница Томмазо Ингирами (по имени Фаэдра), гуманиста, изображенного Рафаэлем.

Далее следует погребальный памятник кардинала Джуссано (XIII век) работы Деодато ди Косма иль Джоване. Тимпан памятника поддерживают четыре кариатиды, держащие на головах корзины с фруктами. В центре изображены святой Иоанн Креститель и кардинал Джуссано, предлагающий Спасителю модель готического здания. Эпиграфы под памятником являются частью алтаря XIV века, в котором хранились останки кардинала Казати, воздвигнутого кардиналом Джованни Колонна.

Наиболее ценной с художественной точки зрения является гробница Елены Савелли, выполненная учеником Микеланджело Якопо дель Дука (1570) и помещенная Борромини в средний неф во время реконструкции базилики. На медальонах изображен Страшный суд.

Капелла Пресвятой Богородицы расположена у стены, где ранее находились орган и входная дверь в клуатр. Капеллу спроектировал римский архитектор Паоло Оливьери (1551-1599), основавший Академию Святого Луки вместе с Федерико Цуккари (1540/4-1609), а возведена она была в 1598 году Климентом VIII. Его имя на балке тимпана датируется его реставрацией трансепта.

Картина "Бог-отец" на фронтоне выполнена Кристофоро Ронкалли, известным как il Pomarancio. Тимпан поддерживают четыре большие коринфские скандированные колонны из хлорированной бронзы, которые во времена Николая IV ограничивали пресвитерий, между апсидой и папским алтарем, основания и капители которых выполнены болонским скульптором Орацио Ченсоре или Ченсори. Происхождение бронзы для колонн, согласно традиции, происходит от переплавки трусских бронз из района Тарквинии и Чивитакастелланы, а также царских врат Пантеона, Иерусалимского храма, Немезиды или Юпитера Капитолина в Риме, отливки, сделанной Августом из трибун кораблей Клеопатры, или, наконец, из дворца Константина. Над капеллой возвышается большая фреска работы Кавалера д'Арпино. Римский военный инженер Помпео Таргоне спроектировал табернакль – восьмиугольный храм из позолоченной бронзы, украшенный драгоценными камнями, стоимость которых оценивается в 22 000 золотых скуди, – фланкированный четырьмя колоннами античного зеленого цвета, принадлежащими древней базилике.

В нише над алтарем находился серебряный позолоченный барельеф работы Курцио Ванни весом в тысячу фунтов, поддерживаемый двумя ангелами по модели Амброджио Буонвичино и отлитый Орацио Ченсоре, стоимостью 12 000 золотых скуди, помещенный для защиты панели из кедрового дерева, которая, как считается, изображает Тайную вечерю. По бокам часовни расположены статуи пророков Илии и Илии, питаемого ангелом, Моисея и священного собрания манны, Мелхиседека и собрания Авраама и Мелхисдека и Аарона с барельефом Пасхи работы Джакомо Лонги. История и легенды Архбазилики доверены большим ковровым фрескам на стенах. На стене слева от капеллы Пресвятой Богородицы изображены Триумф Константина работы Кавалера д'Арпино, Сон накануне столкновения с Максенцием, Легионеры в поисках Папы Святого Сильвестра на горе Соратте, Освящение, Явление Спасителя и Дары, принесенные Константином в Архбазилику. Есть несколько декоративных фресок с изображением апостолов, святых, пейзажей школы маньеризма. Девять ангелов в барельефах, вмурованных в стены, представляют собой классические модули работы Николя Кордье Франчиозино и Вальсольдо.

Капелла Распятия, ранее принадлежавшая капитолийской семье нотариусов Чечи и также посвященная Рождеству Христову, находится справа от северного входа в базилику. Фреска на алтаре изображает Представление Иисуса в Храме работы римского художника Франческо Гранди (1831-1891). Слева от входа перед гробницей кардинала Карло Реццонико, племянника Климента XIII, работы венецианца Антонио д'Эсте (1754-1837), установлен саркофаг изготовленный неизвестным мастером с предполагаемыми останками Лоренцо Валлы (Рим 1407-1457), латеранского каноника, вызванного в Рим Николаем V и Каликстом III для изучения греческих рукописей, принадлежащих Ватиканской библиотеке. Саркофаг Валлы замурован в клуатре Вассаллетто, слева от бронзовой двери, ведущей в ризницу. Высокий рельеф бюста понтифика в профиль с однокоронной тиарой с инкрустацией четырьмя гербами семьи Томачелли, покоится в под памятником Реццонико. Справа от часовни находится памятник с останками Иннокентия III (+1216), которые были перевезены из Перуджи Львом XIII в 1891 году Джузеппе Лукетти (1823-1907); статуи относятся к святым Франциску и Доминику, которые получили одобрение религиозных правил от понтифика.

Слева от капеллы можно видеть погребальный памятник Иннокентию III (работа Джузеппе Лукетти) со статуями Святого Франциска и Святого Доминика (которые получили одобрение своих Реликвий от этого Папы). Как гласит надпись под памятником, именно Лев XIII перенес останки папы Иннокентия III из Пескары в эту базилику.

На северной стене над тремя порталами возвышается орган в стиле барокко (Лука Блази - 1599 г.). Это самый большой монументальный орган в Италии, а также самый старый из тех, что находятся в Риме. На этом органе играли также Джироламо Фрескобальди и Георг Фридрих Гендель. Декор с ангелами-музыкантами из позолоченного дерева выполнен Джованни Баттиста Монтано. Две рифленые колонны, поддерживающие галерею органа, окрашены в античный жёлтый цвет. Их высота составляет 8 м, и, судя по всему, они происходят из Форума Траяна. Над центральной дверью изображен герб папы Климента VIII, поддерживаемый двумя ангелами (работа Джованни Антонио Паракка, известного как Вальсольдо), а ниши над боковыми дверями занимают бюсты царя Давида с арфой (работа Франческо Альдини) и пророка Езекии с органом (работа Амброджио Буонвичино).

Современный Константиновский баптистерий, также известный как Сан-Джованни-ин-Фонте или Сан-Джованни-ин-Онда, был построен из древних материалов не позднее времени Сикста III (432-440 гг.). В результате раскопок были получены архитектурные формы, наиболее близкие к оригиналу, такие как план, ход периметральной стены и расположение укрепляющих колонн. Раскопки также подтвердили существование крестильной купели, которая была создана еще до Константина. Весть о крещении императора Константина в Константиновском баптистерии, записанная в надписи на основании обелиска на площади Святого Иоанна Латеранского во времена Сикста V, происходит из римской легенды второй половины V века, переложенной из Liber pontificalis. Евсевий Кесарийский, церковный историк, рассказывает, что Константин был крещен в момент смерти близ Никомидии (сегодня Исмид), а Святая Елена, мать Константина, по словам Иоанна Диакона, была крещена в Константиновском баптистерии, который он обогатил тем, что Тит и Веспасиан (Tito e Vespasiano) взяли из Иерусалимского храма. Крыша Константиновского баптистерия, как записано в мемуарах Доменико Фонтана (1543-1607), все еще использовала черепицу римского производства, имела нимфей (позднее крестильную купель), портик, эпистиль, колонны и фастиги. Вокруг Константиновского баптистерия располагались оратории, построенные Теодором I (642-649): Сан-Сильвестро, Скала Санта и Сан-Себастьяно; Адрианом I (772-795): Сан-Панкрацио, Сан-Чезарио ин Палатио и Сан-Аполлинаре; и Николаем I (858-867): Сан-Мария Генитриче.

Переступив сегодня порог входа со стороны площади, сразу же предстает во всей своей полноте барочный интерьер баптистерия, демонстрируя на полу большой герб с пчелами Урбана VIII Барберини, папы, которому мы обязаны циклом фресок, идущих вдоль стен с эпизодами из жизни Константина (написанных разными художниками, включая Карло Маратту). Вместо этого Павел III Фарнезе заменил мозаики, исчезнувшие во время разграбления Рима в 1527 году, в кольцевом своде позолоченным деревянным потолком с полихромными резными символами, фризами и фигурами: Успение Девы Марии, Иисус Спаситель, Святой Иоанн Креститель и Святой Иоанн Евангелист.

Интерьер представляет собой кольцо, отмеченное восемью порфировыми колоннами, установленными здесь папой Сикстом III, поддерживающими архитрав, увенчанный тибурием, который изолирует его от деамбулатория, крайнего кругового коридора. Круглое ограждение окружает крестильную купель – саркофаг из зеленого египетского базальта, ранее использовавшийся для крещения погружением. Древний бассейн, занимавший апсиду термального фригидария предыдущего здания, вероятно, был превращён в крестильный бассейн Константиновского баптистерия. Вода, питавшая бассейн, вытекала из пасти семи серебряных оленей, которые были украдены вандалами в 455 году и заменены двумя бронзовыми оленями в натуральную величину в 1967 году понтификом Павлом VI Монтини. Только в этом священном здании, являвшемся неотъемлемой частью папской резиденции, папы ежегодно в канун Пасхи совершали крещение катакомбников. И место столь фундаментальной важности не могло не подвергнуться неоднократным изменениям на протяжении веков.

Папа Иларий (461-468), преемник святого Льва Великого (440-461), построил капеллу Святого Креста и боковые капеллы, расположенные друг напротив друга, посвященные святому Иоанну Крестителю справа и святому Иоанну Евангелисту слева. Капелла Святого Креста, снесенная Сикстом V Перетти для строительства лоджии на северном фасаде, стояла к северо-западу от капеллы Святого Иоанна Крестителя и своей формой греческого креста напоминала мавзолей Галлы Плацидии в Равенне. Капелла, которая с IX века была растрачена на строительство оратория Святого Фомы, отличалась золотыми мозаиками, имела нимфей, трипортик, порфировые колонны необычного размера, два полосатых бассейна по обе стороны от перистиля, в пространстве между ними – порфировый фонтан с проливающим воду полосатым бассейном и была окружена бронзовыми воротами.

Капелла, посвященная святому Иоанну Евангелисту, которая сейчас используется как ризница, сохранила свою первоначальную форму греческого креста с центральной мозаикой, изображающей Агнца-Христа, окруженного гирляндой цветов с евхаристическими символами (виноградом и колосьями пшеницы) внутри. В часовне, посвященной Святому Иоанну Крестителю, на алтаре стоит его бронзовая статуя XVIII века работы Луиджи Валадье, отца Джузеппе, копия деревянной статуи XVI века, изваянной Донателло. Здесь же находятся знаменитые "мелодичные" двери (из бань Каракаллы), издающие при движении звук, похожий на органный,  – "они пели", как вспоминает Данте Алигьери, – благодаря вибрации петель из тяжелой бронзы. Две капеллы были построены папой Иларо в благодарность двум святым за то, что они избежали опасности во время II Эфесского собора 449 года, устроенного монахом-монофизитом Евтихом, который отрицал двойную природу Христа (человеческую и божественную). Третья капелла, посвященная Святому Кресту, была удалена в 1586 году Доменико Фонтана по приказу папы Сикста V Перетти, чтобы создать новый вход в баптистерий, выходящий на площадь перед ним.

Бывший портик Константиновского баптистерия, известного как баптистерий Святого Венантия, построенный Сергием III – от которого остались две торжественные порфировые колонны – с двумя апсидами, украшенными мозаикой, был преобразован в две капеллы папой Анастасием IV в 1054 году. Одна из них посвящена святым Руфине и Секонде, мученически погибшим на Виа Корнелия в 260 году, чьи мощи Анастасий IV перенес под алтарь западной апсиды, освященной в их честь; другая, по словам Иоанна Диакона, посвящена святому апостолу Андрею и деве Люсии, в которой понтифик положил их мощи. Слева – мемориал кардинала Никколо Антонелли (1698-1767) работы римского архитектора Гаспаре Сибиллы (1777), выполненный в стиле непревзойденного микеланджело. Капелла была отреставрирована в 1757 году семьей Леркари по проекту Риги (1727-1802). Правый и левый кенотафы за воротами принадлежат этой семье.

Мозаика на калотте разрушается с неустановленного времени (последняя реставрация была проведена в 1757 году), в то время как мозаика на восточной апсиде, которая сохранилась до наших дней, датируется, как кажется, IV или началом V века. Алтарный образ – Спаситель между святыми Руфиной и Секондой – представляет собой переделку старой, обветшавшей фрески Спасителя, выполненную в XVIII веке. На стенах – фрески Богородицы и святого Филиппа Нери, приписываемые школе Джованни Баттиста Сальви, известного как Сассоферрато (1609-1685) или Гвидо Рени (1565-1642). Джероламо Райнальди (1570-1655) в 1645 году представил смету на содержание капеллы и свинцового покрытия Константиновского баптистерия: работы были выполнены несколькими годами позже Борромини и римским скульптором Томмазо Риги. 

Кенотаф, посвященный архиепископу Алессандро Борджиа, умершему в 1764 году, был спроектирован Томмазо Риги и украшен портретом архиепископа, Аллегорией славы, путти и гербом.

Другая капелла посвящена мученикам Киприану и Иустине, она украшена мозаикой из цветов и цветов в куполе, в полуцикле, датируемом V веком, ягненком и четырьмя голубями с множеством маленьких крестов с драгоценными камнями. Алтарь в стиле барокко конца XVIII века украшен гипсовыми ангелами с мраморными пилястрами, на алтарной картине Спаситель венчает двух мучеников. Капелла была восстановлена семьей Борджиа из Веллетри; слева за воротами находится кенотаф епископа Алессандро Борджиа, спроектированный Риги.

Тела двух мучеников, похороненных под алтарем, были перенесены сюда из алтаря другой часовни в атриуме. Картина на алтаре в стиле барокко изображает мученичество святых Иустины и Киприана, которым посвящена часовня.

Капелла Святого Венантия (Cappella di San Venanzio) в Латеранском баптистерии была построена по заказу папы Иоанна IV (р. 640-42) в честь Святого Венантия Салонского и других далматинских мучеников. Папа Иоанн IV сам был далматинцем и, видя, что славяне захватывают его страну, распорядился перевезти в Рим мощи наиболее значимых далматинских святых. Строительство капеллы было завершено его преемником, папой Теодором I (р. 642-49). В центре апсиды виднеется фреска бюста Христа в окружении ангелов. Под ним – Дева Мария с поднятыми руками в позе орана. Её сопровождают (слева направо) святой Венантий (держит модель часовни), святой Иоанн Евангелист, святой Павел, святой Иоанн Креститель, святой Домний и папа Феодор I. На стене апсиды изображены мученики, мощи которых папа Иоанн IV привез из Далмации. На более высоком уровне виды Вифлеема и Иерусалима и символы четырех евангелистов.

Алтарный образ – это фрагмент фрески 14 века Мадонна с Младенцем, вставленный в рамку из мрамора верде антико, окруженную позолоченными цветочными фестонами и херувимами. Два верхних херувима держат корону.

Латеранский папский дворец (патриархат), с IV в. до начала XIV в. служивший резиденцией Римских пап и являвшийся местом проведения Латеранских соборов,  в XVI в. лежал в руинах и был разобран в 1585 г. Вместо него в 1589 г. архитектор Доменико Фонтана построил дворец по образцу римского Палаццо-Фарнезе (ныне в нём расположен филиал Исторического музея Ватикана). Некоторые части старого дворца были включены в отдельно стоящее рядом с базиликой Святого Иоанна Латеранского здание, возведённое по заказу папы Сикста V (1585–1590 гг.). Это здание объединяет Святую лестницу и капеллу римских епископов Санкта-Санкторум (Sancta Sanctorum – Святая святых); также в нём расположены ораторий святого Сильвестра (San Silvestro in Palatio), ораторий Сантиссимо-Сакраменто-аль-Латерано (Santissimo Sacramento al Laterano) и фрагмент триклиния папы Льва III (Triclinium Leoninum).

Согласно древней христианской легенде, в 326 году по велению Святой Елены, матери Константина, из Иерусалима в Рим была перевезена Святая Лестница, чьи 28 ступеней – это именно те ступени, по которым несколько раз поднимался Иисус в день вынесения ему смертного приговора во дворце Понтия Пилата. Отсюда и название Scala Pilati или Scala Sancta. Изначально лестница находилась в Патриархии, откуда папа Сикст V Перетти в 1589 году приказал перенести её в нынешнее здание, добавив по проекту архитектора Доменико Фонтана четыре боковые (по две с каждой стороны) лестницы, поднявшись по которым, можно было попасть в коридор, соединяющий все пять подъёмов, куда выходили и окна капеллы Санкта-Санкторум. 

По Scala Sancta можно подниматься только на коленях, в то время как для общего пользования Святые ступени окружают четыре дополнительные лестницы, построенные около 1589 года. В 1724 году папа Бенедикт XIII покрыл мраморную лестницу деревом для её защиты, так как мрамор был значительно изношен многочисленными паломниками, поднимавшимися по ней с течением длительного времени. Лестница оставалась покрытой до 2019 года, когда после реставрационных работ защитное деревянное покрытие было снято, а мрамор обнажился. Когда 11 апреля 2019 года лестница была вновь открыта, паломникам впервые за почти 300 лет разрешили подняться по обнаженной мраморной лестнице на коленях. Лестница оставалась открытой для посетителей с апреля 2019 года по июль 2019 года, после чего её снова покрыли деревом.

Эта прекрасная капелла со временем обогащалась и украшалась различными папами. Папа Николай III был ответственен за нынешнее устройство с драгоценными фресками, написанными римской школой XIII века, завершение мозаики над алтарем и прекрасный пол в стиле косматеск. На стене за алтарем изображен Святой Спаситель Ахеропита (не написанный человеческими руками), сидящий на троне с благословляющей правой рукой и свитком Евангелия в левой. Тысячелетняя икона входит в число самых любимых и почитаемых символов в мире. Под папским алтарем находится ковчег, в котором хранятся сокровища и реликвии Sancta Sanctorum.

На стенах и сводах над пятью лестницами коллектив художников под руководством Чезаре Неббиа и Джона Гуерры в 1588 г. изобразил сцены Ветхого и Нового Заветов, отобранные, согласно указаниям Тридентского собора, по принципу "библии для народа".

На вершине последней ступени, защищенной массивными перилами, находится древняя личная оратория пап, по крайней мере, до эпохи Возрождения: капелла Сан-Лоренцо-ин-Палатио, называемая Санкта-Санкторум за многочисленные мощи святых, которые в ней хранятся.

Ораторий Сан-Сильвестро построен на месте уже существовавшего, посвященного папе Сильвестру I (314-335), построенного Теодором I (VII век), украшенного росписями и мозаиками папой Захарием (VIII век) и обогащенного Львом IV в IX веке. Этот ораторий располагался внутри episcopium lateranensem, то есть внутри епископского дворца епископа Рима. Когда в XVI веке Сикст V поручил архитектору Доменико Фонтана построить новый епископский дворец, старая оратория Сан-Сильвестро была снесена.

В новом здании (которое теперь принято называть Скала Санта) рядом с капеллой Сан-Лоренцо-ин-Палатио (также известной как Санкта-Санкторум) была построена новая оратория, получившая название ранее существовавшей. Она сообщается с Санкта Санкторум через дверь, открывающуюся слева от алтаря, где находятся два мощных бронзовых алтаря, датируемых концом IV – началом V века. В левом алтаре находится изображение святого Лаврентия работы Франки (конец XVI века). Богатый декор украшает свод капеллы с изображением Троицы в центре, докторов Церкви и образа Небесной Славы с ангелами, святыми и аллегорическими фигурами. За пресвитером находится орган Тамбурини 1948 года.

Капелла Санкта-Санкторум в Средние века была частной папской молельней, в эпоху Возрождения эта роль перешла к Сикстинской капелле в Ватикане. Изначально капелла была посвящена святому Лаврентию (San Lorenzo in Palatio) и лишь в IX в. получила современное название. Первоначально она находилась на верхнем этаже папского дворца. Первые упоминания капеллы как хранилища реликвий исследователи относят ко времени понтификата Пелагия II (579–590 гг.). Исследователям известно, что папа Лев III (795–810 гг.) возвёл здесь кипарисовый алтарь (находится под современным алтарём), заменённый при Николае III (1277–1280 гг.), освятившем обновлённую капеллу 4 июня 1278 или 1279 г. Квадратное в плане помещение капеллы перекрыто крестовым сводом, опирающимся на четыре угловые колонны с композитными капителями. Стены на высоту 4 м облицованы полихромным камнем, наборный каменный пол выполнен в мастерской Космати (1278 г.). Алтарная часть, перекрытая полуциркульным сводом, отделена от основного помещения колоннами. Надпись на алтаре даже гласит: "Non est in toto sanctior orbe locus" – на земле нет более святого места. Алтарь, окружённый массивной решёткой и пилястрами, происходящими из античных сооружений, содержит христианские реликвии, многие из которых исследователи относят к периоду до разделения Западной и Восточной церквей. 

Над алтарём капеллы установлена икона Спасителя на престоле (также известна как Нерукотворный образ Спасителя), выполненная темперой на тканевой основе, наклеенной на ореховую доску (142х70 см), ныне – под многослойной записью. Согласно преданиям, образ может происходить из Иерусалима (написан апостолом Лукой и завершён ангелом) или из Константинополя времени Льва Исавра (VIII в.). В действительности он создан в Риме при папе Иларии и впервые упоминается в "Liber Pontificalis" в жизнеописании папы Стефана II (752–757 гг.), который в 752 г. нёс образ на плечах, когда процессия двигалась к базилике Санта-Мария-Маджоре с молитвой об избавлении Рима от вторжения лангобардов. В том же источнике, в жизнеописании папы Льва IV (847–855 гг.), образ назван просто "sancta icona". Первое обновление иконы было проведено при Иоанне Х (914–928 гг.) – на её обороте был написан крест. Исследователи полагают, что уже при Иннокентии III (1198–1216 гг.) первоначальное изображение стало нечитаемым, образ был полностью закрыт серебряным окладом, поверх лика размещена шёлковая пелена с фронтальным изображением лика Спасителя, сохранившаяся до настоящего времени.

На своде самым выдающимся живописным украшением капеллы является мозаика алтарной части конца XIII в. с изображением Христа Пантократора в медальоне на золотом фоне, окружённого четырьмя ангелами, в люнетах – мозаичные изображения святых Николая, Лаврентия, Стефана, Агнии, Петра, Павла. Недавние реставрация и расчистка мозаик позволили исследователям оценить их стиль, отражающий классицизирующую тенденцию римской изобразительной традиции при Николае III Орсини (1277–1280 гг.). Последние реставрации открыли цикл фресок XIII в., украшающих верх капеллы, создание которых ошибочно приписывалось Джованни Чимабуэ.

Апсида триклиния папы Льва III – единственная сохранившаяся часть старого папского дворца. Её украшает мозаика, созданная, как полагают исследователи, в 798 г. (или до апреля 799 г.). Апсида была отреставрирована в 1625 г., а в 1743 г. мозаика была перенесена в специально устроенную нишу. В её конхе – композиция "Иисус Христос отсылает апостолов на проповедь". На арке по сторонам представлены две группы: справа – сидящий на троне апостол Пётр, протягивающий архиепископскую мантию (паллий) папе Льву и стяг (лабарум) Карлу Великому (в тот момент ещё королю, а не императору); слева – Иисус Христос, дарующий лабарум императору Константину I Великому и мантию апостолу Петру, фигура которого, по предположению Р. Краутхаймера, появилась во время реставрации 1625 г. вместо существовавшего раньше на этом месте образа папы Сильвестра. Изображение императора Константина I Великого на этой мозаике должно было напомнить Карлу Великому о роли императора как защитника и покровителя церкви.

Перед новым Латеранским дворцом XVI века находится самый старый и самый большой обелиск в Риме. Он был воздвигнут в Египте в 1500 году до н. э. и посвящен фараону Тутмосу III. Обелиск высотой 31 метр был привезен в Рим императором Константином II в 357 году.