На самом высоком месте Аугсбурга расположена базилика Святых Ульриха и Афры, которую возвели в готическом стиле в XV столетии. Она является признанным местом паломничества для многих верующих, в первую очередь потому, что здесь находятся мощи Святого Афры и Святого Ульриха, которые помогли остановить венгерские войска у ворот города в битве при реке Лех. Останки 3-го защитника города, Святого Симперта, хранятся в аккуратненькой часовне при базилике. Храм украшает восьмиугольная башня. В 1937-м году церковь стала папской базиликой, перейдя в прямое подчинение Ватикану.
В начале центрального нефа установлена на массивном основании мраморная кропильница со святой водой, удерживаемая двумя бронзовыми фигурами херувимов. Эту работу, выполненную в 1605-1607 гг., приписывают мастеру Хансу Рейхле (нем. Hans Reichle). Рядом на полках аккуратно уложены библии, которыми пользуются прихожане во время церковной службы.
Над западным входом в церковь установлен орган, изготовленный мастером из Диллингенской фирмы Хубертом Сандтнером (нем. Hubert Sandtner) в 1981/82 годах и имеет 68 регистров звучания. Он состоит из 4487 труб. Ранее на его месте стоял так называемый орган Фуггера, созданный по инициативе сыновей Якоба Фуггера III. В 1777 году на нём играл Вольфганг Амаде Моцарт. Оригинальный инструмент не сохранился. Современный орган вставлен в корпус, датированный 1608 годом, который был построен по проекту городского художника Матиаса Кагера (1575-1634). На внутренних сторонах боковых створок написаны картины, показывающие Вознесение Христа и Успение Марии. Фигуры ангела над органом держат герб Фуггера.
В центре нефа, с правой стороны, возвышается монументальная кафедра работы Ханса Деглера (нем. Hans Deglers), которая была создана в 1608 году, вероятно, по проекту Ханса Крампера (нем. Hans Krumper). Полигональная корзина доступна через витую деревянную лестницу. Наверху изображён обращающийся с проповедью Младенец Христос в окружении двух хангелов в ярких одеждах. Венчает кафедру крест.
Восточная сторона центрального нефа имеет два боковых алтаря, а также апсиду с хором и главным алтарём. На переднем плане, за каменным престолом, установлена скульптурная композиция "Распятие". Слева видна статуя Богоматери, работы скульптора из Ульма Грегора Эрхарта (нем. Gregor Erhart, 1468-1540) около 1500 г., которая служит впечатляющим свидетельством позднего готического искусства. На переднем плане стоит каменный амвон, созданый в 1985 году скульптором из Лауфена Фридрихом Коллером (нем. Friedrich Koller).
Основная часть северного (левого) алтаря Святой Афры посвящена Троице (Пятидесятнице), сошествию Святого Духа. Чудо объясняется отказом Афры поклоняться идолам (языческим богам) и покровительством Бога. Из трёх святых покровителей Аугсбурга, Святая Афра – единственная, принявшая мученическую смерть ради веры.
Сцена показывает мученичество святой Афры, которая, таким образом, входит в круг сопровождающих её святых мучеников Урсулы, Екатарины Александрийской, Варвары и Цецилии (слева).
На южном (правом) боковом алтаре, посвящённом святому Ульриху и празднованию Пасхи, в большом арочном поле изображено воскресение Христа в окружении фигур отцов латинской церкви Августина (слева) и Амброзиуса, на верхних сегментах выше к которым добавлены два других отца церкви Григорий и Иероним. Два события из жизни св. Ульриха можно увидеть в Пределле и наверху – изображение молящегося Св. Ульриха, к которому снизошло благословление Божье. Рядом – Святой Бенедикт и его сестра Схоластика.
Сцена в Пределе показывает больного епископа, к которому, согласно легенде, явились два ангела с чашей и крестом, чтобы помочь провести службу.
Главный алтарь, названный Рождественским, датирован 1604 годом, создан скульптором Вайльхайма Хансом Деглером (1564-1635), замысел был перенят Элиасом Грейтером Старшим. (1565 / 70-1646). Дизайн приписывается Гансу Крумперу (около 1570-1634). В отличие от четырехярусных боковых алтарей, главный алтарь построен на пяти ярусах.
Центральная сцена алтаря показывает рождественские события, рождение Христа в хлеву в Вифлееме, куда уже поспешили пастухи.
Скульптурная группа "Распятие", созданная Хансом Райхле (нем. Hans Reichle) из Шонгау в 1605 году, завершает иконографический контекст трёх главных алтарей с мотивом смерти на кресте и помещает акт искупления Христа как ядро послания спасения в центре церкви. 
Аугсбургский мастер Вольфганг Нейдхарт Младший (нем. Wolfgang Neidhart d.J., 1575-1632) создал выдающееся бронзовое произведение искусства, которое показывает у распятия Деву Марию, Марию Магдалину и апостола Иоанна Богослова.
В базилике Святого Ульриха есть пять часовен Фуггера и орган Фуггера. На южной стороне базилики находятся четыре капеллы святых Георгия, Андрея, Зимперта и Бенедикта. Три из них (кроме капеллы Святого Зимперта) принадлежали в своё время богатому семейству Фуггеров, купившему их у церкви в XVI веке. Капеллы Св. Андрея и Св. Зимперта имеют общий аркадный барьер из десяти частей в стиле ренессанс, выполненного из серого мрамора с коринфскими колоннами и цветными мраморными вставками, в которых видны лилии и розы в виде герба Фуггера и Эберштейна из разноцветного мрамора. Аркадные проёмы закрыты узорными металлическими решётками. На барьере стоят 13 статуй из терракоты, изготовленных флорентийским мастером Карлом Палладио: Христос и 12 апостолов.
Капелла Святого Георгия построена в 1480 году и в 1563 году стала усыпальницей Георга Фуггера. Эпитафия Иоганна Якоба Фуггера и Урсулы фон Харрах возникла в 1554–1558 годах и предназначалась сначала для Доминиканской церкви. На ставнях алтаря изображены Мария с ангелами и Святые Ульрих и Афра. Картина датирована 1594 годом, авторство принадлежит Петеру Кандида по эскизу Кристофа Шварца. На заднем плане угадываются виды Аугсбурга. Сам же алтарь окончательно оформлен в 1629 году. В XIX веке были добавлены две резные фигуры Дионисия и Иларии – дяди и матери Святой Афры.
Капелла Святого Андрея возведена фамилией Фуггер в 1480 году и была перестроена в 1578–1584 годах под усыпальницу Маркуса Фуггера (1529-97). Капелла украшена трёхэтажным алтарём в виде складня с крыльями из мрамора и позолоченного золота. Главные темы изображений алтаря – распятие Христа и страсти Христовы. Автор проекта алтаря – Фридрих Сустрис, мастер, создавший алтарь – Вендель Дитрих.
Эпитафия Маркуса Фуггера на стене у окна, надпись на гербе 1581 года на полу, лилии Фуггера в аркадном барьере в стиле ренессанс и замковый сводный камень на потолке капеллы с гербом Фуггера напоминают о семье.
Капелла Святого Зимперта, основанная в 1479 году, – это место успокоения третьего покровителя церкви и епископа Аугсбургского, бывшего племянником Карла Великого, покинувшего мир в 807 году. Мраморное ложе и лежащая на нём фигура Святого Зимперта изготовлены в 1714 году мастером из Фюссена Иоганном Якобом Херкоммерсом.
На заднем плане, за лежащей фигурой изображена сцена одного из чудес Зимперта: волчица, приносящая в своей пасти ребёнка. Изображение связано с легендой о спасении пропавшего ребёнка, который вернулся домой невредимым после молитвы Святого Зимперта. За ними изображены люди, ищущие помощи святого и воскрешение мертвого ребенка. Мощи святого находятся в алтаре базилики.
Святой Зимперт был настоятелем, епископом и духовником в конце VIII и начале IX веков и, предположительно, племянником Карла Великого. Он получил образование в аббатстве Мурбах в Эльзасе, где был избран аббатом. В 778 году Карл Великий назначил Зимперта епископом Аугсбурга, после чего он укрепил и усилил юрисдикцию своего епископства и поочередно жил в Нойбурге-на-Дунае, в Штаффельзейском аббатстве и в Аугсбурге. Зимперт перестроил базилику св. Афры и другие церкви. Будучи епископом, он одновременно управляя епархией и монастырем. Умер 13 октября 807 года и был похоронен в церкви Св. Афры. Стены и потолок капеллы украшены фресками с изображением фамильных гербов и битвы с венграми.
Гробницу святого Зимперта вскрыли в сентябре 1977 г. В медном реликварии были обнаружены его мощи и текст жития святого, датированный 1492 г. Зимперт был причислен к лику святых в 1468 г. папой Римским Николаем V.
Капелла Святого Варфоломея была основана в 1449 году Конрадом Фёгелином (нем. Konrad Vögelin) в стиле поздней готики. В 1589 году капеллу приобрёл Антон Фуггер, чей брат Филипп Эдуард украсил её как погребальную часовню для себя и своей жены Магдалены в 1596-1602 годах. Сейчас в ней хранится собрание православных русских икон.
Капелла Святого Бенедикта построена в 1590 году Вайтом Ригером как усыпальница Октавиана Секонда Фуггера. Красный мрамор, употреблённый для герба, был доставлен из месторождения, принадлежавшего Фуггерам, в Кирххайме–Вайзенхорн. Алтарь капеллы в виде триумфальной арки создан Венделем Дитрихом, роспись алтаря принадлежит Петеру Кандиду и датирована 1592 годом. В изображении прославления Матери Божьей Святыми Бенедиктом и Франциском на заднем плане угадываются черты Аугсбурга того времени. Картина сопровождается скульптурами первоверховных апостолов Петра и Павла. Свод над капеллой Святого Бенедикта украшен звёздами. На замковом камне этого свода – герб Штаммлера фон Аста.
Капелла Святого Михаила расположена между двумя северными пилонами базилики. Она была создана в 1580 году. Якобом Фуггером III. В капелле на дубовой колонне изображены лилии Фуггера. Створчатый алтарь у массивной колонны был создан в 1570-1580 годах, на глиняных рельефах которого изображены сцены распятия, погребения и воскресения Христа. Их приписывают к работе Карло Паллаго (нем. Carlo Pallago).
Поздняя готическая пьета в золотой раме Фридриха Коллера (нем. Friedrich Koller) украшает эту капеллу с 2000 года. Окно Пресвятой Богородицы Йоханнеса Шрайтера (нем. Johannes Schreiter) было добавлено в год юбилея Афры 2004.
На стенах боковых нефов, высотой около 15 метров, расположены впечатляющие крестовые станции, картины маслом, сделанные Януарием Циком в 1788 году, богато украшенные исповедники и резные деревянные сидения для прихожан.
В крипте церквиимеется капелла, в которой установлен античный каменный саркофаг с мощами Святой Афры – покровительницы Аугсбурга. Во времена гонений из испанской Героны, в Аугсбург бежали епископ Нарцисс и диакон Феликс. Они нашли убежище в доме Афры. Епископ Нарцисс обратил в христианство не только Афру, но и всех её родственников. Затем епископ вернулся в Герону, а Афра, к изумлению и негодованию соседей-язычников, вдруг перестала принимать участие в традиционных религиозных обрядах. Это вызвало подозрение, арест и допросы. На допросах Афра твёрдо заявила о своей преданности христианской вере, и наотрез отказалась покаяться. 7 августа 304 года Афра была заживо сожжена на одном из небольших островов Леха. Другие полагают, что казнь Афры была совершена на римском кладбище, следы которого были обнаружены под базиликой святых Ульриха и Афры.
Напротив находится погребальная капелла Святого Ульриха, построенная в стиле рококо в 1762 году. Ульрих родился в 890 году в графской семье, которая была родственна Саксонской династии. В 908 году Ульрих был отдан на попечение своему дяде, епископу города Аугсбург Адальберо. В 923 году немецкий король Генрих I Птицелов назначил Ульриха епископом Аугсбурга вместо умершего епископа Хилтина. Во время осады Аугсбурга Венгерскими языческими племенами в 955 году, Ульрих Вдохновлял защитников и в ночь перед решающей битвой увидел Св. Афру, которая предсказала победу. Перед этим Германские войска сутки постились и молились, а бойцы взаимно просили прощения друг у друга за возможные обиды.Пророчество сбылось: 10 августа в кровопролитной Лехской битве венгры были полностью разгромлены.
Западное крыло нефа украшает великолепная дубовая решетка под органной галереей, чьи кованые железные детали визуально изображают барочные аркады, была создана в 1712 году руками Эрготта Бернхарда Бенделя.
